Pasaron muy raudos los años y este Cusco Fútbol Club, que representa actualmente al Cusco en el Fútbol Profesional Peruano, este 16 cumple su décimo primer aniversario de creación y vida institucional – deportiva, que tiene como su patrona a la Virgen del Carmen.
Parecen pocos años; pero, para este representativo fueron intensos, de triunfos, glorias, derrotas, amarguras, alegrías y anécdotas; que ponen a un ex llamado Real Garcilaso en la vitrina de uno de los equipos con más oficio y seriedad en su trabajo tanto de dirigentes, cuerpo técnico, jugadores, administrativos y gente del entorno.
Fue fundado el 16 de julio de 2009 bajo el nombre de Asociación Civil Real Atlético Garcilaso por una iniciativa de Julio Vásquez Granilla en la ciudad del Cusco. El club es uno de los equipos peruanos que cuenta con una sede institucional propia denominada Casa Dorada, ubicada en la urbanización Huancaro.
En 2012 adquirió un terreno de 40 hectáreas en el distrito de Oropesa, donde viene construyendo su estadio y su sede social.
En su primer año en la Segunda División Distrital del Cusco salió campeón, con lo cual ascendió a la Primera División Distrital. El primer partido del cuadro celeste fue el 6 de setiembre de 2009 derrotando por 5-2 a Cedecam World Vision. De esta forma, podía participar en la Copa Perú. Durante el año 2010 fue campeón distrital, provincial, y departamental del Cusco. En ese mismo año llegó hasta la Etapa Nacional de la Copa Perú, donde fue eliminado por el Sportivo Huracán de Arequipa.
Previo al inicio de su participación en la Copa Perú, los dorados disputaron el Torneo Intermedio, donde llegaron hasta los cuartos de final siendo eliminados por Sport Ancash. Sin embargo eliminaron a equipos importantes como el Deportivo Garcilaso, Cienciano Jr. y Universidad Técnica de Cajamarca.
Inició su recorrido en la Copa Perú 2011 desde la Etapa Regional, ya que el año anterior había sido eliminado en la Etapa Nacional. En su grupo, quedó primero y accedió a la Etapa Nacional por segunda vez en su historia.
En la Etapa Nacional eliminó al Unión Minas de Orcopampa luego de empatar 0-0 en Orcopampa y ganar 4-2 en Cusco. Después eliminó al equipo que lo dejó fuera de carrera el año anterior, Sportivo Huracán, por un global de 3-2: ganó 3-0 en Cusco y perdió 2-0 en Arequipa. En semifinales, superó al Alianza Universidad por un marcador global de 4-3, luego de ganar 2-0 en Cusco y caer por 3-2 en Huánuco. En la final, se coronó campeón en el Estadio Alberto Gallardo de Lima, tras caer 1-0 ante Pacífico FC y haber ganado 3-1 de local. De esta forma, el entonces Real Garcilaso accedió por primera vez a la Primera División del Perú.
Posteriormente, en el Descentralizado Peruano donde es debutante, logra ser sub campeón y de inmediato clasifica para el siguiente año a una Copa Libertadores de América y llega a los cuartos de final.
Es 3 veces sub campeón nacional y participó en 3 oportunidades en certámenes internacionales y para este año, jugará la Copa Sudamericana en primera fase frente al Aucas de Ecuador, lance que lo disputará en calidad de local en Arequipa por tener inconcluso el estadio Garcilaso.
Que sean muchos años más de éxitos, triunfos y satisfacciones para este Cusco Fútbol Club que actualmente con mucha dignidad, sacrificio e inversión es el único representante de Cusco en el Fútbol Profesional Peruano o la Liga 1.
